Exuberante, com bosques infinitos e rios sinuosos que discorrem ao oceano, Madre de Dios é um departamento onde a vida abunda em todos os rincões. Puerto Maldonado, a cidade capital, é um lugar de visita obrigatória para conhecer alguns dos parques nacionais e reservas da região e por várias épocas foi um importante centro de exploração de caucho, madeira, ouro e petróleo. Atualmente as duasprincipais atividades econômicas do departamento são o eco turismo e a extração de castanhas.

A uns 10 km de Puerto Maldonado e após uma hora e meia de caminhada está o Lago Sandoval, rodeado por terrenos úmidos, os aguajales, com orquídeas, lupunas,(Chorisia Insignis) caobas e palmeiras mauritias (Mauritia flexuosa) de até 30 metros de altura. O lago também é o hábitat de uma grande variedade de espécies como tucanos, araras, loros, garças, tapires, tartarugas e refúgio da nutria de rio e o lagarto negro, ambos em perigo de extinção. Nos arredores do lago Valencia, a 60 km de Puerto Maldonado pelo rio Madre de Dios, vivem diversas comunidades nativas dedicadas à pesca dos peixes como doncellas, dorados e paiches e é também hábitat de uma variedade de espécies de flora e fauna.

O Parque Nacional do Manu (1 716.295 ha), situado nos departamentos de Cusco e Madre de Dios, alberga mais de 800 espécies de aves, 200 espécies de mamíferos, gigantescas árvores e também lar de comunidades nativas. Atualmente este Parque bate o recorde de avistamento de aves num só dia e num só lugar com 324 espécies.

A Reserva Nacional Tambopata-Candamo (274.690 ha) é conhecida por possuir a maior diversidade de espécies de mamíferos, árvores, insetos e aves do mundo e bate o recorde mundial em quantidade de espécies de borboletas. No Parque Nacional Bahuaja-Sonene (1.091.416 ha) está a única savana úmida tropical existente no Peru. Destacam o lobo de crin (Chrysocyon brachyurus) e o cervo de los pântanos (Blastocercus dichotomus), espécies em perigo de extinção, assim como o oso hormiguero gigante (Myrmecophaga tridactyla), a (lontra) nutria gigante, o perro de monte (Speothos venaticus), o lagarto negro (Melanosuchus niger) e a águia harpia (Harpia harpyja).