Esuberante, dai boschi infiniti e dai fiumi sinuosi che scorrono fino all’Oceano, Madre de Dios è un dipartimento dove la vita abbonda in tutti gli angoli. Puerto Maldonado, la città capitale,è un passo obbligato per accedere a qualsiasi dei parchi nazionali e delle riserve della zona ed è stato, in diversi periodi, un importante centro di esportazione del caucciù, di legno, di oro e di petrolio. Oggi due delle attività economiche principali del dipartimento sono l’ecoturismo e la raccolta di castagne.
A 10 km da Puerto Maldonado e dopo un’ora e mezza di cammino si trova il Lago Sandoval, circondato da distese di alberi di aguaje, da orchidee, lupunas, rovere e palme mauritias alte oltre 30 metri. Il lago è anche la dimora di una gran varietà di specie come i tucani, i guacamayos, i pappagalli, le gazze, i tapiri, le tartarughe e rifugio della nutria di fiume e del coccodrillo nero, entrambi in pericolo di estinzione. Nei dintorni del lago Valencia, a 60 km da Puerto Maldonado, attraverso il fiume Madre de Dios, vivono diverse comunità indigene dedite alla pesca di donzella, dorado e paiche; ed è anche l’habitat di una varietà di specie di flora e fauna.
Il parco Nazionale del Manu, (1 716.295 ettari), situato nel dipartimento di Cusco e di Madre de Dios, ospita più di 800 specie di uccelli, 200 specie di mammiferi, alberi giganteschi ed è anche la dimora di comunità indigene. Il parco mantiene attualmente il record di avvistamento di uccelli in un solo giorno e in una sola località , con 324 specie diverse.
La Riserva Nazionale Tambopata-Candamo (274.690 ettari) è rinomata perché possiede la maggior diversità di specie di mammiferi, alberi, insetti e uccelli del mondo e detiene il record mondiale di quantità di specie di farfalle. Nel Parco Nazionale Bahuaja-Sonene (1.091.416ettari) si trova l’unica savana umida tropicale esistente in Perù. Da menzionale il lupo di crin e il cervo dei pantani, specie in via di estinzione, così come l’orso formichiere gigante, la nutria gigante, il cane del monte, il coccodrillo nero e l’aquila arpia.