La natura nel dipartimento di Madre de Dios è esuberante: ogni angolo della regione è popolato da migliaia di specie di animali, molti dei quali endemici della regione. Il suo territorio vanta una riserva nazionale e tre parchi nazionali nei quali vive una grande varietà di anfibi e microfauna
La Riserva Nazionale Tambopata, ubicata a sud del fiume Madre de Dios, ospita 103 specie di anfibi che gli esperti e gli scienziati hanno individuato e osservato. La microfauna è abbondante e sembra essere sempre a portata di mano per l'osservazione.
Il Parco Nazionale Alto Purus, al confine con il dipartimento di Ucayali e all'interno della provincia di Tahuamanu, nel dipartimento di Madre de Dios, è noto per la grande varietà di anfibi e microfauna, come gli insetti.
Il Parco Nazionale Bahuaja Sonene, nella provincia di Tambopata e in quelle puneñas di Carabaya e Sandia, registra la presenza di più di 50 specie di rettili e anfibi.
Il Parco Nazionale del Manu ospita 30 milioni di specie di insetti che convivono con 140 varietà di anfibi. È il luogo ideale per l'osservazione e l'esplorazione della natura.
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