L'ampia diversità del dipartimento, in particolare per quanto riguarda la flora, permette alle bellissime farfalle dai colori vivaci di svilupparsi adeguatamente e popolare i vasti spazi boscosi della zona della selva alta e parte della selva bassa.
Nei diversi circuiti turistici si possono osservare splendide specie di farfalle, soprattutto lungo i seguenti percorsi: strada verso Kuélap, strada verso la Laguna dei Condor e soprattutto strada verso la cascata di Gocta. Nella regione non esiste ancora una casa delle farfalle, per cui occorre sempre stare attenti per vedere quali specie si possono trovare.
Si sa che nel distretto di Molinopampa, sito nella provincia di Rodríguez de Mendoza, a poche ore da Chachapoyas, la zona di orchidee è popolata da migliaia di farfalle multicolori.
Poco più lontano è ubicata la Riserva di Santiago-Comaina, nella provincia di Condorcanqui, che presenta una grande varietà di flora e fauna e di specie endemiche, tra cui 474 varietà di farfalle delle quali 21 potrebbero essere nuove per la scienza.